Smoke

Смоук (Smoke) - киборг LK-7T2, является третим прототипом кибер-нинзя, построенным Лин Куэй (Lin Kuei). После того как воины Земного Царства успешно возвратились в свой мир (после победы в MK 2), Саб-Зиро и Смоук вернулись в Лин Куэй. Там они узнали, что грандмастер решил превратить своих воинов в кибернитических ниндзя, первыми из которых стали Сектор и Сайрэкс. Саб-Зиро и Смоук отказались и решили бежать. Саб-Зиро успешно сбежал, в то время как его друга Смоука поймали и превратили в киборга, стерев все воспоминания и заложив программу бесчувственного убийцы. Узнав об этом, Саб-Зиро в гневе срывает свою маску и показывает этим, что отрекается от Лин Куэй. Грандмастер клана приказал Сектору, Сайраксу и Смоуку найти и уничтожить предателя Саб-Зиро. Однако, Саб-Зиро верит, что в недрах машины, которой стал Смоук, по прежнему живет человеческая душа, мечтающая вырваться из страшного плена.
В это время император Шао Кан вторгся в Земной Мир и начал порабощать души людей. Саб-Зиро присоединился к восстанию против Шао Кана. По ходу битвы Саб-Зиро встретился со своим другом Смоуком и смог убедить его, что в нём остались человеческие чувства и воспоминания. Они объединились и победили Сектора и Сайракса.

Noob Saiboot

Нуб Сайбут (Noob Saiboot) - темное воплощение Саб-Зиро старшего. Чтобы понять, кто такой Нуб Сайбут надо вернуться к тому моменту, когда Скорпион убивает Саб-Зиро старшего в Mortal Kombat 1 (MK). Душа Саб-Зиро отправляется в Ад (Нереальность). Там он и стал известен как Нуб Сайбут, там же познакомился с Шинноком и признал его своим правителем.
В Аду (Нереальности) Нуб Сайбут становится членом Братства Теней. Одной из его первых задач, поставленной перед ним его новым покровителем Шинноком, стало наблюдение и информирование о событиях, происходящих на Земле и во Внешнем мире; для достижения этой цели Сайбут оставался в тени во время турнира. В Mortal Kombat 3, по просьбе Шиннока, Нуб Сайбут присоединился к силам Внешнего мира и императору Шао Кану в ходе вторжения на Землю. Однако, позже Нуб Сайбуту было приказано выступить с воинами Земли, неизвестными Кану.

Motaro, суббосс

Мотаро (Motaro) - кентавр Мотаро — новый генерал армии Шао Кана, руководящий вторжением на Землю. Он — суббосс игры, идущий по рангу перед Шао Каном. Главная его особенность — полная неуязвимость в магическом бою.

Shao Kahn, босс

Shao Kahn (Шао Кан) - Шао Кан был приближённым императора Внешнего Мира Короля Драконов Онаги. Однако он не желал быть таковым, он желал гораздо большего — править Внешним Миром. И в один прекрасный момент он отравляет Онагу и ссылает его душу в огромное яйцо, поручив Блейзу  охранять его. Шао Кан обретает великую мощь. Став новым императором Внешнего Мира, он захватывает множество других. В отличие от Онаги, Кан не мог сразу воссоединять завоёванный мир со своим. Старшие Боги придумали турнир Смертельная Битва, чтобы Миры могли защищаться от нападений императора. Однако Шао Кан был непобедим. Он и его воины побеждали в 9 турнирах подряд, что позволяли императору захватывать миры и присоединять их во Внешний Мир. Таким образом он накопил достаточно власти, чтобы на сей раз завоевать гораздо большее Царство — Эдению. Шао Кан побеждает в Смертельной Битве и начинает захват Эдении. Он убивает законного правителя короля Джеррода и силой заставляет королеву Синдел  признать свою власть. Однако она не смирилась с этой ролью супруги нового императора и покончила с собой. Озлобленный Шао Кан не позволяет душе королевы обрести покой и не выпускает. Принцесса Китана, родная дочь Джеррода и Синдел  была вырощена как хладнокровный убийца Шао Кана. Император пожелал оставить её как символ Царства Эдении. Затем он делает попытку завоевать Земной Мир. Рождённый на Земле демонический колдун императора Шанг Цунг  с успехом выигрывает 9 турниров подряд, однако на 10 турнире он уступает монаху Великому Кунг Лао — лучшему воину Земного Мира. В гневе император ссылает его в кобальтовые копи шоканов. Великий Кунг Лао становится врагом Шао Кана. Однако несмотря на неудачные попытки императора и Шанг Цунга убить его, он остаётся живым до следующего турнира Смертельной Битвы. Шанг Цунг вызволяется из копий, направляется к Шао Кану и на сей раз приходит на турнир не один. В рудниках он познакомился с принцем Горо. Бой Горо и Великого Кунг Лао был очень долгим и жестоким, однако в конце концов Горо побеждает и убивает монаха. Шанг Цунг  крадёт его душу. С этих пор воины Шао Кана становятся непобедимыми. И наконец пришло время последнего 10 турнира. Однако планам Шао Кана по захвату Земного Мира вновь суждено не сбыться. Лью Канг, потомок Великого Кунг Лао побеждает и Горо и постаревшего Шанг Цунга. Последнему удаётся убежать во Внешний Мир. Император снова был в ярости, однако Шанг Цунг  молил его о пощаде и поведал ему свой новый план о уничтожении земных воинов. Он предлагал заманить их во Внешний Мир, чтобы сам император убил их. Шао Кан согласился с его планом и вернул ему молодость. Далее он приказывает Бараке напасть на академию Ву Ши. Барака и его Таркатаны нападают на академию и похищают Соню Блейд. Ловушка сработала, и все воины Земного Мира, включая заклятого врага Шао Кана — Рейдена, прибывают во Внешний Мир. Император осознаёт, что с Китаной что-то не так. Он приказывает Шанг Цунгу создать женщину — копию Китаны, чтобы в случае предательства своей падчерицы, заменить её на эту копию. Шанг Цунг создаёт Милину. Однако в ходе турнира во Внешнем Мире Китана окончательно вспоминает своё прошлое и в жестокой драке убивает Милину. Шао Кан не смог уничтожить земных воинов. Чемпион Смертельной Битвы Лью Канг и его товарищи побеждают, а сам Лью смог справиться и с Шанг Цунгом, и с Кинтаро и даже начинал побеждать самого императора! Они спасли Соню  и вернулись в Земной Мир. Однако Шао Кан не желал сдаваться так легко. Он решил воплотить в жизнь свою давнюю мысль — с этой целью он с помощью колдунов Шанг Цунга и Куан Чи отправили душу королевы Синдел  в Земной Мир. Таким образом Шао Кан мог беспрепятственно войти в Земной Мир с целью забрать свою королеву. И он начинает вторжение, с помощью своих порталов он похищает души всех людей на Земле. Однако Рейдену  удалось спасти души избранных воинов.., но не их жизни — Шао Кан посылает свои отряды воинов с целью убить оставшихся в живых защитников Земного Мира. Их первой жертвой стал Джонни Кейдж. Император приказывает Джейд и Рептилии найти и убить принцессу Китану. Он занимается вербовкой новых союзников и смог получить Скорпиона, Ермака и Нуб Сайбота. Однако на этот раз никто не был верен своему императору. Шива, бывшая телохранительница Синдел вздумала убить своего императора. Однако Кано предупредил его, и Шао Кан убил её. Далее он принимает бой с Кунг Лао (потомком знаменитого чемпиона) и побеждает. Лью Канг, увидевший это, решил что Кунг Лао  погиб, и с яростью бросился на Шао Кана. Император не смог победить чемпиона Смертельной Битвы и всех его сил хватило лишь для того, чтобы убежать во Внешний Мир. Земной Мир и Эдения вновь приняли свой прежний вид. Теперь сам Шао Кан и остатки его армии вынуждены были защищаться от объединённых сил Китаны, Синдел и расы Шоканов!